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日本の税務調査に関しての基礎知識として、今回は組織別の調査をご案内させて頂きます。
日本の税務組織は、国税庁を頂点とし、10の国税局と１つ沖縄国税事務所さらに524の税務署から成っています (このほかに税関がありますが、関税のみを対象としますので本稿では触れません)。

税務調査は、各国税局及び沖縄国税事務所並びに各税務署によって行われます。ここでそれを取りまとめていると見られる国税庁は実は原則として税務調査は行わないポジションです。なお、国税の判断に関して不服或いは不当と言うアピールを企業側などから出て来た場合に対応する国税不服審判所は、課税処分後の不服申立案件に関して調査を行います。
以下、一般的な日本の法人に対する税務調査を各所管とその対象項目ついて解説させて頂きます。　

【 法人向け税務調査 各所管とその対象項目 】
①　法人税担当部門による調査　
法人税、消費税、源泉所得税を対象に行われます。
②　源泉所得税部門による調査
源泉所得税に関する調査が行われます。
③　消費税・印紙税担当部門による調査
主に、消費税に関する調査が行われます。
このほか、印紙税、酒税その他間接諸税の調査が行われる場合があります。
④　国際税務専門官による調査
調査の対象は、法人税担当部門の調査と同様、法人税、消費税、源泉所得税を対象に調査が行われますが、主に、国際課税に関する項目を中心に調査が行われます。
⑤　資料担当部門による調査
法定調書関係に関して調査が行われます。


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